Gua Thawr terletak di sebelah selatan Masjidil Haram, kira-kira 4 km jauhnya, di jalan ke Arafah. Pangkalan ke puncak gunung adalah 458 meter, dan ia mengambil masa kira-kira 1.5 jam untuk sampai ke sana dengan berjalan kaki. Nabi Muhammad (SAW) dan Hz. Abu Bakar Siddiq (RA) berlindung di gua ini selama tiga malam semasa berhijrah. Pertama, Hz. Abu Bakar masuk ke dalam gua untuk memeriksa apakah ada bahaya, dan kemudian Nabi (SAW) masuk. Semasa mereka tinggal, Abdullah, anak kepada Hz. Abu Bakar, akan bergerak dalam kalangan orang musyrik pada siang hari dan membawa maklumat pada waktu malam. Hamba mereka, Amr ibn Fuhayra, akan memimpin kambing biri-birinya di sekitar, untuk menghapuskan jejak Abdullah dan menawarkan susu.
Tiga keajaiban berlaku di gua ini:
Seekor ular sedikit Hz. Kaki Abu Bakar, dan Nabi Muhammad (SAW) menggunakan air liur yang diberkati, serta-merta menghilangkan rasa sakit dan memberikan penawar.
Setelah mereka masuk, labah-labah memutar sarang dan burung merpati membuat sarang di mulut gua atas perintah Allah.
Orang-orang musyrik sampai ke pintu masuk gua. Salah seorang daripada mereka ingin mencari di dalam. Umayyah bin Khalaf menasihatinya untuk menentangnya, katanya: “awak buat apa kat sana? Adakah anda hilang akal? Labah-labah telah menganyam sarang mereka dan burung telah membina sarang di sana sebelum Muhammad dilahirkan.” Mendengar ini, mereka meninggalkan idea untuk masuk. Hz. Abu Bakar berkata, “Apabila orang-orang musyrik menghampiri gua, kaki mereka kelihatan. Aku berkata, ‘ Wahai Rasulullah, jika mereka menundukkan kepala mereka, mereka akan melihat kita. ‘” Nabi Muhammad (SAW) menjawab, ” Diamlah wahai Abu Bakar, kerana yang ketiga di antara kita ialah Allah. “Rasulullah SAW menghabiskan malam Jumaat, Sabtu, dan Ahad di dalam gua. Persembunyian selama tiga hari ini adalah langkah berjaga-jaga. Orang-orang musyrik akan menganggap bahawa mereka telah pun meninggalkan sekitar Mekah. Selepas tiga hari, Abdullah bin Urayqit, pemandu yang telah dilantik lebih awal, tiba di kaki Gunung Sevr pada waktu subuh pada hari Isnin. Dengan diiringi dua ekor unta dan mengendarai untanya sendiri, baginda berangkat menuju ke Madinah menggunakan laluan pantai.
